一、网店商标侵权可以通过下列方式进行申诉

1、商标所有权人向当地的工商行政管理部门申诉;

2、商标所有权人应收集相关证据;

3、该工商行政管理部门处理后，认定侵权行为成立的，会做出责令立即停止侵权行为，没收侵权商品、行政罚款等决定。

二、侵犯商标权的认定

1、是否有违法行为存在;

2、是否有损害事实发生;

3、违法行为人主观上是否具有过错;

4、违法行为与损害后果之间是否有因果关系。

根据《商标法》第五十七条规定，有下列行为之一的，均属侵犯注册商标专用权：

(一)未经商标注册人的许可，在同一种商品上使用与其注册商标相同的商标的;

(二)未经商标注册人的许可，在同一种商品上使用与其注册商标近似的商标，或者在类似商品上使用与其注册商标相同或者近似的商标，容易导致混淆的;

(三)销售侵犯注册商标专用权的商品的;

(四)伪造、擅自制造他人注册商标标识或者销售伪造、擅自制造的注册商标标识的。

被诉以网店商标侵权后，如果当事人认为这对自己来说不公平而要进行申诉的话，必须要提供些对自己有利的证据才可以。关于网店商标侵权申诉的具体内容跟有关规定等等你不清楚的话要解决，建议你直接在线咨询平克曼跨境律师。